首都儿研所附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、北京高等医学专科学校教学医院、规范化服务达标医院、首都平安示范医院，北京大学医学部博士、硕士学位研究生培养点，卫生部、北京市住院医师/专科医师培训基地。医院编制床位400张。医院承担着北京地区和外省患儿医疗诊治工作，门急诊量和住院患者逐年增加。

方正自2001年以来与首都儿研所附属医院合作，历经近20年建设，逐渐建立了包括HIS、病案管理、院感预警、传染病上报、实名制就诊卡、预约挂号系统、分院建设等系统。